普林塞萨港地下河国家的公园位于巴拉望省北岸圣保罗山区。公园北临圣保罗湾，东靠巴布延海峡。它位于巴拉望省的首府普林塞萨港市的市中心西北大约80公里处，国家的公园由陆路和水路都可以到达。占地面积20，202公顷，其中核心地区占地5，753ha，缓冲地区占地14，449ha.海拔高度变化于海平面到公园的制高点圣保罗山（1，028m）之间。
普林塞萨港地下河国家公园有两个突出特征，一是流淌在地下的河流一直自地面之下流入大海；二是显著的喀斯特岩溶地形。公园的地下河流下游收到潮汐的影响。公园内有动植物栖息生长，分布着自山脉到海岸的各种生物形态。
圣保罗地下河国家公园包括各种各样的地形：广袤的平原、起伏的丘陵和高峻的山峰，其中给人最深刻的印象圣保罗山区咯斯特岩溶地貌景观。公园90%多的地貌都是圣保罗山周围的尖锐咯斯特灰岩山脊组成，而圣保罗山本身是一系列浑圆的灰岩山峰沿着巴拉望岛的西海岸南北轴向连绵而成。公园的主要景观是被人们称为“地下河”或“圣保罗洞”的8公里多长的地下河，洞内林立着钟乳石和石笋，还有几个120多米宽，60多米高大溶洞，暗河在圣保罗山以西大约2公里的地方流出地面，这里的海拔高度100米。地下河几乎在地下奔流了整个长度后进入圣保罗湾。一小块海域也在公园境内。另一个水文特性是巴布延海峡沿着公园的东侧蜿蜒流过。从十一月到次年的四月是旱季，从五月到十月是雨季。平均年降雨量大约在2，000和3，000毫米之间。平均的温度是27°C.
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